El Master sobre Protección de los Derechos Humanos consta de tres módulos. Para superar todos los créditos del Master, es preciso haber superado todos los tres módulos.

MÓDULO I: Los Derechos Humanos en el sistema internacional de protección de los Derechos Humanos
(40 créditos ECTS) 4 de octubre - 3 de diciembre de 2010.
Nueve Cursos troncales de 20 horas de duración cada uno (1 semana, horario de mañana 10-14 h):
• “Teoría general de los derechos fundamentales.”
• “Curso General: Introducción a la práctica del Derecho Internacional de los Derechos Humanos.”
• “Mecanismos de protección en las Naciones Unidas.”
• “Mecanismos de protección en el Consejo de Europa.”
• “Mecanismos de protección en la Unión Europea.”
• “Mecanismos de protección en el sistema interamericano.”
• “Otros mecanismos de protección internacionales.”
• “Mecanismos de protección en los ordenamientos internos: el Defensor del Pueblo.”
• “La protección de los pueblos indígenas y de las minorías nacionales.”

Diversos cursos temáticos sobre cuestiones concretas y de actualidad de la práctica forense en la defensa de los derechos humanos, de 10 horas de duración (horario de tarde, 16-18 h):

• “Seminario de apoyo sobre nociones básicas del Derecho de la Unión Europea y Derecho Constitucional español.”
• “La responsabilidad internacional por violaciones de los derechos humanos: Principios generales.”
• “Práctica forense ante los órganos cuasicontenciosos de Naciones Unidas.”
• “Práctica forense ante el Tribunal Europeo de Derechos Humanos.”
• “Derechos humanos, empresas transnacionales y responsabilidad social corporativa.”
• “Derechos civiles y políticos y derechos económicos, sociales y culturales.”
• “Otros mecanismos de protección de la Organización de Estados Americanos.”
• “Justicia transicional y derechos humanos.”
• “El Panel de Inspección y el Asesor de Cumplimiento/Ombudsman del Grupo del Banco Mundial.”
• “La aplicación por parte de España de sus obligaciones en materia de derechos humanos.”
• “La elaboración de un trabajo de investigación sobre derechos humanos: herramientas metodológicas.” 

MÓDULO II: Prácticas en Instituciones sobre Derechos Humanos
(12 créditos ECTS) enero-abril 2011.

El segundo Módulo estará dedicado a las prácticas en instituciones relacionadas con los temas objeto de estudio en el primer Módulo presencial. El objetivo es profundizar en los conocimientos adquiridos durante las clases teóricas ofreciendo su vertiente práctica, imprescindible para el buen ejercicio profesional. Algunas Instituciones colaboradoras del Master ofrecen plazas para las prácticas como el Defensor del Pueblo de España, el Ministerio de Asuntos Exteriores de España, el Ministerio del Interior, la Agencia Española de Protección de Datos y el Defensor del Menor de la Comunidad de Madrid. Además, existe una estrecha colaboración con instituciones en otros países, como las Naciones Unidas, el Consejo de Europa y la Comisión y Corte Interamericanos de Derechos Humanos. La Dirección del Master intentará atender, en la manera en que lo permita la disponibilidad de plazas, los intereses de cada estudiante.

MÓDULO III: Trabajo de Investigación de Fin de Curso
(8 créditos ECTS) mayo y junio 2011.

Cada alumno elaborará un trabajo de investigación sobre un tema concreto relacionado con los dos módulos de enseñanza presencial así como las prácticas en Instituciones, en el que el alumno debe demostrar un excelente dominio de los aspectos de la práctica forense internacional para la protección y promoción de los derechos humanos.
Cada trabajo de investigación será convenido entre los Directores del Master, el tutor designado de entre el profesorado del Master y el alumno en función de la especial vocación o interés profesional de este último. Este trabajo de investigación deberá tener una extensión de entre 100 y 150 páginas, con notas a pie de página, un índice sistemático así como una bibliografía y un índice de la práctica (jurisprudencia y legislación) al final del trabajo.