Gracias a una estrecha y longeva relación de trabajo con el Instituto Español de Estudios Estratégicos del Ministerio de Defensa, el Área de Derecho Internacional Público y Relaciones Internacionales de la Universidad de Alcalá viene desarrollando desde el año 2001 los Cursos sobre Seguridad y Defensa. Los Cursos tienen como objeto analizar y debatir cuestiones de actualidad relacionadas con la política española de seguridad y defensa y están dirigidos tanto a los alumnos matriculados en cualquier grado o posgrado de la Universidad de Alcalá como a los miembros de la sociedad civil.

Los cursos se organizan mediante la celebración de mesas redondas en las que intervienen miembros del Instituto Español de Estudios Estratégicos, profesores universitarios, representantes políticos y periodistas. Los temas abordados hasta la fecha por los Cursos sobre Seguridad y Defensa han sido los siguientes:

I Curso sobre Seguridad y Defensa: "Los Modelos Español y Europeo de Seguridad y Defensa" (6-8 de noviembre de 2001).

II Curso sobre Seguridad y Defensa: "Seguridad y Cooperación en el Mediterráneo después del 11 de septiembre: el Magreb" (17-19 de diciembre de 2002).

III Curso sobre Seguridad y Defensa: "El Papel de la Unión Europea y de España en Oriente Medio" (2-4 de diciembre de 2003).

IV Curso sobre Seguridad y Defensa: "La política exterior de seguridad y defensa en las últimas elecciones generales" (9-11 de noviembre de 2004).

V Curso sobre Seguridad y Defensa: "La política exterior de seguridad y defensa en la Europa ampliada" (8-10 de noviembre de 2005).

VI Curso sobre Seguridad y Defensa: "El Mediterráneo: ¿Alianza o Choque de Civilizaciones?" (7-9 de noviembre de 2006).

VII Curso sobre Seguridad y Defensa: "España y las operaciones de mantenimiento de la paz de Naciones Unidas" (6-8 de noviembre de 2007).

VIII Curso sobre Seguridad y Defensa: "Terrorismo, derechos humanos y la política de seguridad y defensa" (4-6 de noviembre de 2008).

IX Curso sobre Seguridad y Defensa: "La Nueva Directiva de Defensa Nacional y la Estrategia Europea de Seguridad" (22 y 29 de octubre de 2009).

X Curso sobre Seguridad y Defensa: "Seguridad y Defensa ante los retos de las nuevas tecnologías" (6 y 13 de octubre de 2011).